荷兰船医达利(小林)因船只故障暂时停留安平港,秀琴(杨丽花)的病,多亏达利的医治得以痊愈。达利和秀琴互相喜欢,秀琴也因此怀孕。就在达利和秀琴准备结婚的同时,达利却因居留证到期被迫离台。回国前,达利将随身佩带的金色十字架交给秀琴,并承诺一定会再回到安平港。时光在等待中流逝,秀琴所生的女儿阿金(林小芳)也已经七岁,达利却迟迟未归,秀琴因身体孱弱,在交代完阿金的身世后便撒手人寰,留下阿金与外公万成相依为命。15年后,亭亭玉立的阿金(杨丽花)爱上了从台北来的医学院学生志强,两人彼此相爱也互许终生,却因家庭背景悬殊,遭到志强父亲的反对。志强即将出国留学,他希望阿金能够等他回来,并约定二年后归国…。1937年深秋,为躲避战乱,中国医生成贤(秦汉 饰)携带怀有身孕的日本妻子理惠子(早乙女爱 饰)和孩子从上海逃到南京老家,他没想到南京也差不多快被侵华日军夷为废墟。被告知可以进入欧美列强势力保护的安全区避难时,成贤认为自己与难民身份不同没做理会,投靠了老朋友继续行医。以小学教师刘天琴(刘若英 饰)为代表的同胞的悲剧令他震惊愤怒,但他认为自己首要任务不是反抗暴敌而是尽职做好一名医生。
同年冬天12月13日,南京全面沦陷,日军开始在南京疯狂烧杀淫掠,成贤终于意识到日军的残酷麻木,让妻子先行一步去安全区躲避,自己则留下来继续救死扶伤,他不知道的是,安全区早已名存实亡,而要反抗时,他发现已无可能。。