1939年4月,侵华日军在南京设立了一个秘密的细菌生化武器的作战基地——荣字1644部队。它是继臭名昭著的713部队以后建立的规模更大、更为隐蔽的细菌武器基地。荣字1644部队主要是研究、培养、制造致命的细菌:霍乱(即虎烈拉)、伤寒、鼠疫等用于实战。在它存在的六年间,因试验细菌武器而杀害的人数最少为1200人,其中包含着进行惨无人道的“活体解剖”而惨死在手术台上的人。他们中间大多数是中国人,也有少数其他国籍的外国人。
1998年8月,在1644部队的生产工厂遗址挖出了几十具被支解的尸骨,至今仍可检测出含有霍乱弧菌肠毒素基因,他们就是当年被活体解剖的所谓“原木”的遗骨。
从1940年到1942年1644部队就曾数次参与了对我浙江、湖南、江西等省的细菌战攻击,造成了大规模的疫情流行和成千上万的中国民众死亡。
日本军国主义者进行惨无人道的细菌战,罪恶滔天、神人共愤。面对这段惨痛的历史,中国人民和一切正义的人们当然是刻骨铭心、永志不忘的。。这是和原来不同的假面骑士历史。1973年2月10日,和邪恶组织修卡抗争的假面骑士1号和假面骑士2号面前,出现了修卡制造的最强的战士假面骑士3号。1号和2号被3号轻松打倒,修卡成功征服世界。
然后时间来到现代,由于与修卡有关联的人类已经被消灭殆尽,后世的假面骑士们的存在也分裂为正义和邪恶的阵营。正义的一方为守护剩余不多的人类而战;邪恶的则作为修卡的手下并为了消灭阻碍者而行动着。一天,修卡手下的假面骑士Drive/泊进之介遇上了假面骑士3号变身者黑井响一郎,不知怎的事情就演变成了和他一起和修卡对战。另一方面,正义的假面骑士们为打倒修卡而所必要的行动开始了。。