宁静的边疆村落接二连三地出现了死状诡异的尸体,一时间谣言四起,似乎有邪物作祟。幕府府主之女翁小宛恰遇案发现场,恳请昔日提刑官宋慈调查此事。宋慈曾因断案奇术——“煞瞳术” 被世人惊叹,却在一次断案失误后郁郁寡欢。本不想重出江湖的宋慈意外发现这些尸体之间似乎有千丝万缕的联系,而死因都是非正常手段,显然有违常理,为了阻止更多人的死亡,他决定接受小宛的请求。追查中,宋慈遭到“幕府”府主的阻挠,就在此时,他发现这所有的事情隐约都与20年前的离奇事件有关。20年前,曾经在这片土地上生活过一个叫放罗族的部落,却不知为何在一夜之间消失无踪。幕府的建立,放罗族的失踪,连环杀人案的出现,这其中究竟藏着什么秘密?。明末清初,十九岁的郑成功还在南京读书,血气方刚的他将父亲郑芝龙在南京的贷款二十万两黄金捐给了为抗清而卖身筹款的名妓柳圆圆,当柳圆圆要以身相许时他却婉然拒绝,同时他认识了痴恋柳圆圆的反清义士黄炎。郑芝龙勒令儿子回闽,在路上,郑成功救了被堂叔郑芝魁追杀的明朝唐王。 郑成功到台湾寻父,第一次与盘踞台湾的荷兰人首领揆一针锋相对。在此期间,郑成功与台湾人民结下深厚友谊。回到福建后,郑芝龙投机政治,在福建立唐王为帝,唐王赐郑成功为“国姓爷”,并认定郑成功是复兴大业的人选。
此时清兵进入福建,郑成功与父亲数次在和战的问题上争执。郑芝龙最终决定投清。郑成功劝说无效,与父亲决裂。郑芝龙投清后被软禁,明唐王也因此出走后被清兵擒杀。郑成功通过重重困难获得了郑家军的领导权,继续抗清的斗争。清兵一边劝降郑成功,一边偷袭郑成功的老家,郑成功的母亲因此丧生,让郑成功悲痛欲绝。此时,台湾人民正处于荷兰人高压统治的水深火热之中,郑成功暗中支持以旧部郭怀一为首的抗荷斗争,并承诺有朝一日一定要收复台湾。
郑成功与清兵的战斗获得了胜利,显示出郑成功卓越的军事才能。郑成功并兴兵北伐,但在南京一役中却因为一念之慈而遭受重创。此时郭怀一在台湾的起义也失败。郑成功将目光投向台湾,打算将台湾作为自己发展的基地。他一面与台湾的荷兰总督揆一软硬兼施,又用计麻痹了荷兰海军总司令,恰好旧部——荷兰通事何斌向郑成功献上台湾水域图。郑成功秣马厉兵,积极准备东征台湾,也在此时,他结识了荷兰女子——琳达,两人陷入爱河,但郑成功并不知道琳达是揆一的妹妹。
公元1661年,郑成功说服了诸位将领,正式出兵攻打台湾,战胜了汹涌波涛后,他利用潮汐顺利通过了鹿耳门,并受到了以凯因为首的高山族人民的热烈欢迎和积极支持。郑成功不久利用攻心战让荷兰人献出赤嵌城,将荷兰人最后的巢穴——台湾城团团围住。在揆一的顽强抵抗下,郑成功陷入持久战,同时利用屯垦解决了粮荒的问题,并处死了与清兵勾结的黄炎及对高山族人民强取豪夺的郑芝魁,粉碎了清兵与荷兰人的两面夹攻,解决了内部矛盾,取得了台湾人民的信任。在此期间,他惊悉父亲被清朝处死的噩耗,痴恋郑成功的柳圆圆作为郑成功儿子的乳母最后投入了郑经的怀抱并产下一子。郑成功对儿子有悖常伦几乎与儿子决裂。最终琳达也成为战争的牺牲品。郑成功和揆一同时失去最爱的亲人,在弹尽粮绝的绝境下,揆一终于向郑成功投降,台湾回到了祖国的怀抱。
郑成功毅然拒绝了部下们打算在台湾另立乾坤的计划,宣布台湾永远是中国的一部分,并迅速投入了对台湾地开发,使台湾日渐繁荣。在此同时,心力交瘁的他也在这一见离开了人世。。