草薙素子之后,巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件,由于受害者家属均无公诉,且死者中有政客与公安官员,于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型,应部分顾客要求,该机型同时具备异性玩伴的功能,巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手,卷入与黑帮的战斗,期间有人入侵他的大脑,使其自残。
巴特决定直奔荒凉地带总部,他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆,后者布下系统陷阱,幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索,巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船,素子再次降临他的身边,与其并肩作战。。众人回到荒芜之地发现自己的部族在屠戮常人,众人快马加鞭却错过部族屠戮常人的部队,三人回忆童年却又对常人的看法出现了分歧。第二天部队返回,三火质问首领为何屠杀常人,并举行仪式要成为部族首领。最后仪式被打断,部族分裂成了两部分。三火众人收到了白骨姬愿意帮助众人的消息。众人带着白骨姬路过车迟国,却发现这里异人为王,刚刚高兴却发现常人备受压迫,与国王理论之时却发现一切都是异人将军所做,众人打败将军继续前行。。