为了调查双胞胎哥哥孙小糊的失踪,孙小涂参加了警队的招新考试,却在考试现场卷入警察局长遇刺事件,幸好有一直以灵魂形态存在的哥哥相助才脱险。而局长遇刺事件也牵扯出以著名脑科医生毕安为首的犯罪集团,他们通过移植承载灵魂的虫体实验,企图控制社会高层,从而掌控城市。这个阴谋被小糊以及女友夏冰警督撞破,小糊失踪之谜也随之解开。因为虫体移植会出现吞噬反应,进行了虫体植入手术的小糊和小涂只能活一个,面对毕安的要挟,小涂选择自杀来复活小糊,却被小糊抢先一步射杀了自己的身体来保全小涂。。本片不以《圣经》为依据,而是以故事为线索展示心灵内在的信仰冲突。当以色列处于罗马统治下的时候,木匠耶稣为罗马军队制作十字架,他为冥冥中似乎来自上帝的召唤而困扰。耶稣动身探求真相,于路邂逅起义者犹大和昔日的朋友抹大拉,他们指责耶稣的懦弱,使其坚定了信仰,越来越多的信徒加入了耶稣的队伍,施洗者约翰指点耶稣前往沙漠。耶稣抵御了诱惑,获得更大的力量,他带人围攻耶路撒冷神殿,令犹大去罗马当局告发自己,在十字架上的耶稣得到天使的信息,他走下十字架,过上了平凡的生活,直到多年以后,耶稣发现了事情的真相,重新回到了自己命运中……
本片根据卡赞察斯基的同名小说改编,自从1983年斯科塞斯第一次筹划将本片搬上银幕,宗教团体的反对声便喧嚣尘上,致使拍片计划一再拖延。。