本片讲述了一个与世隔绝的奇怪家庭。家庭成员由一对父母和大儿子、两个女儿组成,一家五口终日生活在一座隐秘的大宅子里。三个孩子自小被父亲隔离于此,他们不能接触除父母外的人,对高墙之外的世界几乎一无所知。父亲上班后,他们就与母亲在屋子里学习、玩耍。他们所有的知识都由父母教导,父亲告诉他们,外面的世界极其危险,而孩子们如果想要出去,必须等到“狗牙”脱落。
父亲是唯一可以驾车到外面去的人,他有一份正常的工作,会为孩子们带回生活必需品以及奖赏,他有时也会带回公司里一个女员工——克里斯蒂安,她是受雇来满足大儿子的性需求的。而她的几次到来,正在悄悄地改变这个家庭……。主人公の少年ユウキ・コスモら地球人が移民したソロ星で、第六文明人の遺跡が発掘された。遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き出した名を取り、発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる。 そのイデオンは、異星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として語り継がれていたものだった。イデ捜索隊隊長のギジェ・ザラルに無断で、カララ・アジバが調査のためにソロ星(ロゴ・ダウ)へ向かう。 コスモ、ジョーダン・ベス、イムホフ・カーシャがイデオンを操縦するが、二つの人類は双方とも相手を異星人と呼び、恐れ、自分の星を守るために異星人を殲滅しようとして戦火を拡大させた。 コスモ達はソロ星を捨て、イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。。