当了八年卧底探员的海生(张家辉饰)成功逮捕犯罪分子Dark哥(吴镇宇饰),心想到终于可以摆脱卧底生活,海生感到生活又恢复了光明。
可是,事情却不是海生想的那样美好。复职的颁奖仪式草草了事,同事对他投来的不是关切与欣赏,而是不信任的目光。警员阿龙(黄秋生饰)只是默默地安慰他。
卧底时期的女友与自己分手,陌生人开始跟踪自己,海生觉得自己警员的生活远比卧底更加痛苦。他回想起卧底时候Dark哥与他的往事,不由得动容,而此时,海生卧底时的朋友找到海生,原来想逃离卧底生涯,远非那么简单。。克拉拉是一个39岁的成功女人,离婚后独自生活在柏林的她一边继续自己关于黑格尔的博士论文,一边在大学教授哲学课程。然而在她成功的表象之下还隐藏着许多秘密和麻烦:除了青春期的女儿让她拿捏不准,与学生的秘密恋情、与导师的关系也都令她焦头烂额。此外她还需要面对的,还有自己作为“做题家”,与家乡乡村之间的羁绊。。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。