1944年末,日伪秋季扫荡和叛徒出卖使得白城陷入艰难。江满根和地下党员彭秀女临危受命进入白城。满根毫无地下斗争经验,鲁莽冲动,行动不断脱离组织计划, 引起日本人和伪警察局长楚强的怀疑,并害死了秀女。为了完成任务,他只得求助仇人、父亲当年好友——伪县长廖一清。 原来白城失陷时,时任城防司令的江父决定牺牲自己,让廖假投降以保百姓安全。 在廖帮助下,满根与当地各种势力建立了联系,并利用土匪等势力另辟蹊径完成了各项任务,建立了白城交通站。日军投降后,满根开始策反廖一清,楚强和廖的女儿春晓的军统身份也随之浮出水面。廖一清要和平解放白城,楚强武力相逼,满根和春晓赶来营救,春晓为满根挡了子弹, 楚强最终被满根击毙。满根回到部队,踏上解放全国的征程。。故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。