一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战...。一年前,少女瑠衣被车撞伤,肇事者潜逃无踪,而她则失去了光明。瑠衣一直没能从失明的打击中站起来,也不去康复中心,每天郁郁度日。
一天,瑠衣结识了热衷于滑翔伞运动的高中生航。航得知有一种出现几率很少的上升气流叫作“狮子”,他梦想着能够乘着狮子气流滑翔。
瑠衣渐渐对率真的航敞开了心扉,决定要振作起来。然而等待着他们的却是残酷的真相……。