利用《电子战场2》留下的片段和一条非常细的故事线,亚历克斯再次与1998年在非洲东部的机器人雇佣兵作战。这一次,亚历克斯发现她有20个半姐妹正在等她回到2077年。中央司令部希望亚历克斯被活捉并扫描,看看她的DNA是否比正常的DNA更强更有力。但是亚历克斯可能太苛刻了,不值得去捕捉。。《VIRUS病毒》是在描写一种被称为「培养器」(Incubator)的实体,可创造出一种有能力可以同时传染人类和机器的病毒。为了保护市民不受病毒以及它的异形侵犯,在法律保护策略下诞生了一个特别的战术机构『STAND』。而这组织由穿著多功能战甲受高度训练的成员所组成,他们穿著具有人工智能、强大战斗力的『个人装甲』(VG),即使在高病毒侵袭的危险群中承受也不会被感染。然而这新的病毒不仅开始迅速扩散,并在席格多新装甲发表会中,VIRUS兽化席格多疯狂攻击人群,让『STAND』几乎难以招架!在此时,突然出现一个年轻人-沙吉,他竟然可以控制VG,还制伏兽化的席格多!而这一切邪恶的起源,全因为VIRUS而起……。