日本警视厅特殊部队(SIT)小队长濑文焚流(加濑亮 饰),在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡,面对高层他百口莫辩,最终被调职到公安部公安第五课——不明事件调查科。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件,当然在所谓“科学昌明”的现代化社会,这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外,第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫(户田惠梨香 饰)。在此期间,预言师、神之手等各种各样拥有超能力(SPEC)的人物接连登场。
濑文在和当麻办案的过程中,渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界……。脸上带着长长伤疤的约拿·哈克斯是个神秘的赏金猎人、卓越的枪手,还有着与死亡世界交流的超能力,有个叫赖莉的妓女一直爱着他,是他和人类社会最主要的联系。恰逢一个名叫昆丁·特恩布尔的巫毒术士召集了一支死亡大军,想要在自己一百岁生日那天毁灭美国,约拿·哈克斯被政府授命阻止特恩布尔的行动,同时两人曾经的宿怨也被揭晓——原来特恩布尔便是在南北战争时期杀害约拿·哈克斯家人,并让他脸上留下伤疤的人,仇人见面分外眼红,约拿·哈克斯誓要与特恩布尔决战到底……。