世界闻名的凯达博士驾驶自制的时间飞船试飞时,意外发现了W宝石和鹦鹉梦梦。W宝石也引来了虎视眈眈的敌人妖尼、格鲁和发沙的觊觎。在这之后,凯达博士带领着助手丹平(太田淑子 配音)和淳子(冈本茉莉 配音)机器人小精灵及鹦鹉梦梦,驾驶着时间飞船游走于历史各个时代寻找W宝石。他们的敌人妖尼一伙也乘着时间飞船跟博士他们抢夺W宝石。在他们的激战中,邪恶的妖尼一伙屡次要释放炸弹把博士他们炸死,但每每失手,炸弹每次都落到他们自己头上。每次辛苦找到的W宝石,不知道为何都会变成普通的石头,可怜的妖尼只能望着星空悲叹......。斯凯普林管道公司在挖掘地下时偶然打通了两个世界的管道,让马里奥(鲍勃·霍斯金斯 Bob Hoskins 饰)和鲁基(约翰·雷吉扎莫 John Leguizamo 饰)兄弟有机会进入另一个由库帕(丹尼斯·霍珀 Dennis Hopper 饰)控制的世界。 库帕运用他的机器,可以随意改变生物的进化或退化,而戴西(萨曼莎·玛西丝 Samantha Mathis 饰)被抓后,她成为统一两个世界的关键。陨石碎片成为了争夺的焦点。兄弟二人展现出他们作为管道工的技能,利用自己的能力帮助戴西,使她能够使用陨石碎片使父亲复原,并且稳定混乱的局势。马里奥和鲁基兄弟通过发挥各自的所长,助力戴西实现目标,同时也为两个世界的和平作出了贡献。。