母亲被困在失火的老宅,更糟糕的是,门窗被封闭。母亲的求救电话打给李浩的时候,他风风火火地赶回小区,却被物业经理告知母亲已经死去,李浩向物业问责,反被诬告没有打过求救电话。。故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天,東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一,如常地用手按停眼前的鬧鐘,踢開混亂的被鋪,低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾,光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風,哥哥」的送別聲下,騎上腳踏車出門,奔向那片初夏的青空……現在,冒險再度進化……。夜间班机因旅客大都熬夜熬得双眼通红,故得名为红眼班机。勒克斯大西洋酒店的高级行政人员丽莎今天不得不搭乘她最不喜欢的红眼班机,因为她必须在参加完祖母的丧礼后明天就赶回酒店工作。
丽莎的运气还不错,在机场遇到了英俊潇洒的杰克逊,两日相谈甚欢。更让丽莎惊喜的是,两人搭乘的是同一班红眼班机,而且还相邻而坐。本以为一段美好的缘分就此展开时,丽莎万万没有想到,原本温文尔雅的杰克逊露出了他的狰狞面目。原来杰克逊是恐怖分子的一员,他正要前往刺杀住在勒克斯大西洋酒店的安全部的高官。现在,恐怖分子绑架了丽莎的父亲,要求身为该酒店主管的丽莎协助杰克逊完成这一刺杀任务。在恐怖分子的要挟下,丽莎将何去何从?。