异次元人亚波妄想侵占地球,制造了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的导弹超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时,在惨遭破坏的大街上,有二位把自己生命置之度外的青年,他们是面包房的货车驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们,但终于精疲力尽倒在瓦砾中,但被艾斯·奥特曼所救。而艾斯竟然把自己的生命溶入了二人的身体中......。代号47是一个利用基因技术制作的复制人,受雇于名为“The Agency”的组织进行刺杀活动,47是他颈背条码的最后两个数字,也是他的名字。因为卷入了政治阴谋,47在东欧遭到了国际刑警和俄国军队的双重追杀。在追查真凶的过程中,他遇上了一个致命的女人。杀手的冷酷无情渐渐被女人瓦解,但是生命也正在受到威胁……。