神盾局沦陷后,寇森在尼克·弗瑞的允许下开始重建组织、收拾残局,而除了招募新人,最重要的事情就是必须创建起与政府机构的信任桥梁。同时,寇森领队,在世界各地全力搜查“九头蛇”余党的踪迹,而昔日的伙伴如今沦为背叛者的沃德则成为了他们唯一的线索。寇森感觉自己当初复活期间所产生的“副作用”时不时会涌上心头,也发觉自己的自控能力越来越差,死命刻墙图、甚至为了查明真相而派队员去送死,屡次让神盾局陷入更大的危机。更吃惊的是,斯凯失散多年的父亲突然回归,并在身后也有一个从古到今毫无任何人见过的“异人”组成的联盟。斯凯因此再度为自己的身世产生疑问,也陷入选择家人还是伙伴的左右为难的局面。。因为一场意外,邦尼被迫和儿女分离。穷困的她只能寄居在妹妹家中,靠在公路上替人擦车窗攒钱,希望早日租到属于自己的房子,通过社工审查,好和孩子们团聚。女儿生日在即,妹妹和妹夫也答应了邦尼的请求,允许她们住在车库里。但在一切似乎就要走上正轨时,邦尼目睹了妹夫骚扰外甥女的一幕……。