以一个个经典案例为载体,从法医的视角讲述案件侦破的过程,将刑事科学技术与刑侦紧密结合。例如死亡时间的概念,《法医密档》中就会对死亡时间做详细的介绍。法医是通过什么方式,能够精准的推算出死者的死亡时间,进而为刑侦人员提供可靠的破案依据。除了“死亡时间”之外,还有如何确定“死者身份”、如何通过一滴干枯的血迹寻找凶手等等。节目在破解案件的同时,也在传递法医“为死者代言,为生者谋权”的职业精神。。某市发生儿童尸体内脏不翼而飞的事件,自由记者兼石庄太(和田聪宏 饰)为调查真相蹲守医院,经亲眼见证儿童尸体死而复生的惊人场面。在搜集线索时,兼石偶然得知附近的丙村35年前曾发生儿童集体失踪的事件。直觉让兼石相信,丙村的失踪案与当下的内脏案有直接联系,于是他和镇公所的女职员香坂(真木よう子 饰)动身前往该村调查。
但他们的调查并不顺利,对于当年的事件村民三缄其口。然而随着当年失踪的两个儿童以35年前的模样再次出现村中时,兼石才渐渐了解村民竭力隐藏的惊天秘密……。