在日本一条名为“霞之里”的宁静小村庄里,那里远离人烟,但却有一所女校在这里。原来这所学校叫“私立志能备学园”,是一所负责女忍者训练的精英学院,是全日本,甚至全世界唯一一所的女忍者训练学校。而其实在“霞之里”生活的居民中很多都是这所学校的毕业生,学院中的学生大多为被赋予高智商高天分的有极其优秀基因的试管婴儿,所以都拥有极其高的天分。事实上从这里毕业的忍者,进入社会后都会当上保护重要人物或替国家和机构进行各种调查和探取情报的间谍工作,可说是一种既刺激又好玩又有前途的职业。但此学校只是女忍学校,与霞之里的另一所男忍学校关系不好,且不允许学生恋爱,不准和男忍接触,违反的人将被赶出学院。
一天,有一男一女来到了这个村子,男的是为了逃债而来到“私立志能备学园”当老师的万里小路隼人,可是他并不知道这是一所忍者学校,而另一个就是故事主角,为了自己憧憬的女忍者生活与仰慕的忍者老师“市川电藏”而来的可爱女孩子日向向日葵。向日葵转校的第一天,遇上了新上任的万里小路隼人老师,产生了一见钟情的感觉,于是向日葵就把他当成了自己的真命天子...
之后的两人将会怎样呢?
忍者少女》(ひまわりっ!)是..。一个单身母亲带着五岁的小女孩(宝儿)生活,宝妈视女儿为生命,精神寄托。一次偶然机会宝妈带着宝儿去山区贫困地区做公益活动,而这次公益活动触动了宝儿幼小的心灵(宝儿刚满一周岁时爸妈就离婚)…… 可命运的捉弄,宝儿被医院确诊为恶性“横纹肌肉瘤”,医生的判决书只有三个月生命,妈妈精神打击太大接受不了这个现实,可又不能告诉宝儿最后的生命时间。天真可爱的宝儿无意中听到自己只能活半年时,为了妈妈不受影响,也不说穿,于是暗中接受命运的安排…为了完宝儿的上学梦,妈妈和社会爱心人士帮助下在山区小学和同学们一起完成人生第一也是最后一场课程…在最后生命的前二天告诉妈妈希望把身体器官捐献给需要帮助的人…… 三年后,为了怀念宝儿,此时的山区小学改名叫“郑宝儿希望小学”,宝妈已经留下在这支教了三年……。