1950年,西南剿匪斗争中。一天,解放军侦察员小孙为追踪一个国民党土匪司令,来到扎旺寨山区。不料遭到苗王石朝山的围截,腿部负伤,被堵进山洞。危急时刻,一个苗族孩子引他脱离危险。但当孩子听说小孙不是苗家人时,又猝然惊恐离去。这个孩子就是给山魔王放牛的火娃。这天,寨里来了个杨神父,他借传教恐吓寨民,不许接近客家人。火娃听后,更加疑团满腹。晚上,老长工隆昌告诉他,曾有一支穷人的军队来过苗岭,叫红军。第二天,火娃来到山上,孙大哥告诉他,解放军就是当年的红军。山魔王带人又一次搜查小孙,被突起的“神火”驱散,孙大哥和火娃意外得救。原来,火是隆昌点的,他在暗中保护火娃。火娃拿着孙大哥给他的传单来找隆昌,隆昌含泪讲了这传单的来历……火娃和隆昌接受孙大哥交给的任务,查明了杨神父就是土匪司令,并动员乡亲们起来斗争。。自从与玛戈、伊迪丝和阿格蕾丝三个可爱的小女孩实现宿命的邂逅,曾经的大坏蛋格鲁可真彻底转型了,他金盆洗手,转而化身为慈祥可亲的爸爸和做得一手烂口味布丁果冻的商人。当然凡事没有尽善尽美的,在此期间,憧憬大坏蛋传奇人生的老搭档纳法利欧博士离他而去,另谋高就。某天,格鲁被身怀绝技却鲁莽的特工露西·王尔德绑架,原来露西所在的集团研制出可以改变生物基因的药物,可他们位于南极的实验室被神秘窃贼偷走,因此才委托有过坏蛋经验的格鲁做卧底。
经过一番考虑,格鲁接受了这项任务,带着超萌的小黄人们,和露西组成了爆笑连连的追凶搭档……。