看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤, 缅因猫兽再度开始暴走。 “不能让你诞生在世上…” 从现实世界消失的缅因猫兽,正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的,毁灭世界的钥匙—— 西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽,逐渐解明真相。 保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险,而要将其切除。 随着暴走的缅因猫兽的出现,现实世界开始进入毁灭前的倒计时。 其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们,等待着那一时刻的来临—— 被选召的孩子们,受到异常的数码世界排斥,返回现实世界, 却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策,与此同时芽心独自一人持续烦恼着。 同伴和数码宝贝的声音,都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中… 之后,残酷的命运,甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——。20世纪初,德国人乌斯坦因非法改造人类基因被判入狱。出狱后在中国替邪恶势力谋取利益。其中有几人能力最大。黑田次郎拥有闪现的能力,蝴蝶拥有分身的能力,尹娜拥有身体自愈的能力。 尹雪因屡屡执行重要的任务,遭到蝴蝶的嫉妒。尹娜将被作为新的试验品,姐姐尹雪带她逃离了组织,乌斯坦最终找到了她们,试图杀掉尹雪,夺回尹娜。。