在一个地方,宝石宠物和人类和睦的在一起生活着。这时候茱莉亚女王拜托了宝石宠物,叫他们收集魔法宝石,并且给露比等人魔法宝石箱...。2014年,世界上最后一头长牙象Isilo死亡, 环保人士连续几个月搜寻他的尸体,直到2014年3月下旬在非洲灌木丛中发现了它巨大的尸体,而它那雄伟的9英尺长象牙也一起神秘消失了……。因双亲要在海外出差,所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时,只要看着关闭着的电视屏上自己的脸,就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实,不料被拉进了异空间,在那里被称为暗影的怪物袭击,与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系,以及避免其他人被卷入该事件,他们组成了特别搜查队展开了战斗。。