2007年夏天,千岛湖一个叫郁川的地方修建水库,一个身患尘肺病的石匠回到那里,将母亲的坟迁进公墓。在郁川,他回忆起母亲被迫上吊的惨案,发现自己的一生都生活在至亲死亡的阴影里;适逢仇人刑满出狱,他决定在生命的最后为所有事情做一个了断……。故事发生在日本的元志元年,江湖险恶,人心动荡。为了复仇,个头矮小父母双亡的少年铁之助(小林由美子 配音)以成为“鬼”为目标,要求加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组里,铁之助认识了外表温柔剑术高超的一番组组长冲田总司(斋贺弥月 配音),以及外表鬼畜却心思细密的新撰组副长土方岁三(中田让治 配音)。组中各类有趣的人等让铁之助的生后变得多姿多彩,而柔弱的少女沙夜(高桥美佳子 配音)更是撩动了少年稚嫩的心弦。
在新撰组内,严明的纪律必不可少,有时甚至严苛到了违背人性的地步。目睹着和激进攘夷派做着不懈斗争的组员,看着他们为了维护自己的尊严宁可丢失性命,铁之助在心里暗下决心,要让这武士道精神流传下去。。