三年前林超科因为与李鹰的理念不合,带着有人类意识的机器人,离开了李鹰。三年后,林超科的女儿林玉,在补习班里遇到一个奇怪的儿童机器人李机。林玉和他很有好感,和他成为朋友。林玉始料不及,李机是李鹰派来的。
林玉生日那天,李机潜入林超科家里,想去偷电脑数据,阴差阳错之下,落下泳池发生了故障。林超科在修好他的同时,也给他赋予人类意识。
李机成为新人类后,林超科和林玉对他悉心照顾,教导他好好做人,但是李鹰不愿意放弃李机,又对林超科当年带走的机器人耿耿于怀,派出了一个邪恶的机器人。
李机林玉,与邪恶机器人斗智斗勇的同时,李机明白了作为人类的责任,林玉也慢慢知道了自己的真正身份……。故事的起源在一所超级白金学院,它是四大家族为培养优秀后代而创立的,因此身为四大家族之后的F4在学校里的地位便可想而知,从幼稚园、国小、高中一直到大学,学校里没有人敢反抗F4这四个霸气的大男生,直到她的出现,捣乱了这看似控制得宜的局面。她——杉菜一介平凡女子,带着父母要她飞上枝头变凤凰的梦想来到这里,在好友李真不小心恼怒了F4为首的道明寺后,杉菜为友情出头,从此展开了她与F4之间的爱恨情仇。。来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。。