故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。某公寓发生一宗皮夹藏尸案,凶案组伊SIR调查此案,发现死尸是一名女子,因尸体非常腐烂导致警方不能确认身份,伊SIR一边追查死者身份,一边寻找疑凶下落,其后发现女死者以卖淫为生,阿荣是其马夫,伊SIR为了寻找疑凶而扫荡红灯区,红灯区里多名大哥生意受损,于是黑白两道都开始追击阿荣,阿荣走投无路,隧向警方自首,伊SIR通过阿荣重组案件,发现杀人动机原来是……。