テレビアニメや実写映画など様々なメディア展開で人気を集めてきた大和和紀原作の大ヒット少女コミック「はいからさんが通る」を新たなスタッフ&キャスト陣で映画化した劇場版アニメ2部作の後編。大正時代。女学生の花村紅緒は伊集院忍少尉と出会うが、彼が自分の許婚であることを知って反発する。やがて2人は許婚という関係を超えて惹かれ合うが、少尉は戦地で消息不明になってしまう。少尉の生存を諦めきれない紅緒の前に、少尉と瓜二つのロシアの亡命貴族サーシャ・ミハイロフが現われる。愛する人と同じ姿でありながら自分のことを全く知らないサーシャにショックを受ける紅緒を支えてくれたのは、彼女が働く出版社の編集長・青江冬星だった。そんな中、驚くべき事実が次々と明らかになり、彼らは歴史的大事件に巻き込まれていく。。明朝万历三十七年,江南蠹县县城,接连发生凶案,死者身份各异,彼此毫无关联,尸体被布置成离奇的姿势,每个案发现场都留有一句话。作为第一个受害者的徒弟,小捕快曲三更协同小伙伴展开调查,随着调查的深入,三教九流、士农工商各色人等纷纷登场,迷雾重重之中,二十年前的一宗旧案浮上水面。究竟凶手会是何人,又有怎样的目的?。某大学实验室,在一次针对爱尔兰中世纪文化的考古过程中,谢拉·惠兰教授(马歇尔·贝尔 Marcelle Baer 饰)和助手们偶然发现一个制作精巧的盒子。他们小心打开盒子,却发现里面竟是一颗丑陋怪异的头颅。更为恐怖的是,头颅发出恐怖的吼叫,致令实验室的器材遭到破坏,现场的人员也受到不同程度的损害。然而一切还未结束,他们仓促鲁莽的举止释放了已沉睡近两百年的恐怖女妖。谢拉和他的助手从此被女妖所跟踪,恐怖的事件接连发生。 根据爱尔兰的古老传说,凡是听到女妖喊叫的人,必将不久于人世……。